W środku kościoła mieści się tzw. ołtarz papieski, zwieńczony XIV-wiecznym gotyckim baldachimem, pod którym kryją się relikwie głów świętych Piotra i Pawła. Schody w dół prowadzą do konfesji papieża Marcina V (1417-1431); na jego brązowy nagrobek ludzie rzucają monety.
"Długo nie lubiłam tego kościoła, wydawał mi się pompatyczny i bez prawdziwej wielkości. Ta biel zdawała się martwa, rysunek naw nie miał polotu ani sklepień gotyckich, ani barokowych. Kolosalne rzeźby apostołów w niszach głównej nawy odpychały schematyzmem, banalnością twarzy i gestów. Dopiero zainteresowanie Borrominim nauczyło mnie innego spojrzenia — naraz, już wewnętrznie przygotowana, zauważyłam jego wkład architektoniczny; potem przyszła życzliwość nawet dla apostołów ustawionych w niszach w XVIII stuleciu." (Ewa Bieńkowska: Spacery po Rzymie, Warszawa 2010).